انتخب للبطريركية بعد وفاة البابا أنيانوس في شهر كيهك سنة 84م وفي عهد دوميتيانوس قيصر بإجماع آراء الشعب. وكان هذا البابا مشهورًا بالعفاف متصفًا بالتقوى والغيرة على رعية المسيح، فأخذ يثبت الشعب في الإيمان حتى نما عدده بمصر والخمس مدن وأفريقيا، وشرع المصريون يحتقرون الاعتقاد بعبادة الأوثان ويتهافتون على الانضمام لحضن المسيحية أفواجًا، وسادت في أيامه السكينة وكانت الكنيسة متمتعة بالسلام الكلي.
وقد روى بعض المؤرخين أن دوميتيانوس قيصر طرد البابا ميليوس من الكرسي السكندري وأقام آخر بدلاً منه، غير أن هذه الرواية لم يقم دليل على صحتها ولم تتناقلها أقلام المؤرخين. ورقد هذا البابا في أول توت سنة 96م.
